ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНЫЕ И АНАЛИТИЧЕСКИЕ КОМПЕТЕНЦИИ

Молекулярная биология и биохимия:
ПЦР (стандартная, colony, multiplex), дизайн праймеров и оптимизация реакций, qPCR и RT-qPCR; выделение плазмидной, геномной, фаговой ДНК и тотальной РНК с контролем качества (NanoDrop, Qubit, TapeStation); агарозный электрофорез, алкалиновый денатурирующий электрофорез, SDS-PAGE и нативный PAGE, Western blot; EMSA, pull-down и co-IP; ферментативные тесты активности (ATPase, нуклеазная, метилтрансферазная), спектрофотометрия и флуориметрия, цитометрия.

Клонирование и генетическая инженерия:
Рестрикционно-лигазное клонирование, Gibson Assembly (до 4 фрагментов, конструкции до 20 т.п.н.), Golden Gate, TOPO/TA, сайт-направленный мутагенез, сборка многокомпонентных конструкций и оптимизация экспрессии; химическая трансформация и электропорация; Lambda Red recombineering, редактирование геномов бактерий и бактериофагов на основе CRISPR–Cas9/Cas12 с контрселекцией, цитозиновое base editing, трансдукция; дизайн спейсеров, донорных матриц и стратегий отбора; получение точечных замен и делеций до 2 т.п.н. в фаговых геномах; интегративная CRISPR–Cas-конструкция для редактирования генома Streptomyces. Суммарно созданы сотни плазмидных конструкций и генетически модифицированных штаммов.

Экспрессия и очистка белков, хроматография:
Гетерологическая экспрессия в E. coli с подбором штамма, среды, температуры и индуктора; лизис клеток; аффинная хроматография (IMAC, Strep-tag, GST), ионообменная, гидрофобная хроматография и гель-фильтрация; препаративная очистка, снятие аффинных меток протеазой TEV, диализ, концентрирование и замена буфера; очистка многосубъединичных комплексов, оценка олигомерного состояния и молекулярной массы, glutaraldehyde cross-linking, подготовка образцов для структурных исследований. Полный цикл работы на ÄKTA pure (Cytiva), NGC (Bio-Rad) и Agilent 1260 Infinity HPLC: разработка и программирование методов, диагностика неисправностей, обслуживание систем. Разработка схем очистки с нуля; за период работы очищено 10–30 белков и комплексов.

Фаговая биология:
Выделение фагов из природных образцов, получение и титрование лизатов, double agar overlay и spot-тесты, efficiency of plaquing (EOP), определение спектра хозяев;высокотитрованные лизаты, PEG-преципитация; one-step growth, adsorption assay, burst size и latent period, кривые лизиса, постановка инфекций при разных MOI; выделение и очистка фаговой ДНК, секвенирование, сборка и аннотация фаговых геномов, поиск антизащитных генов; получение и анализ escape-мутантов, оценка частоты резистентности, генетическая модификация фагов, работа с лизогенами и профагами, фаговыми коктейлями; получение и анализ ПЭМ-изображений вирионов. Модельные группы: лямбдоиды, T7-подобные, T5-подобные, T-чётные, фаго-плазмиды P1, M13, РНК-фаги, коллекция Basel, фаги Streptomyces.

Микробиология:
Асептическая техника, приготовление сред, культивирование аэробных и анаэробных культур, получение чистых культур и компетентных клеток; growth curves по OD, подсчётКОЕ, определение чувствительности к антибиотикам, скрининг и отбор мутантов, фенотипирование, ведение и долговременное хранение штаммовых коллекций; работа с лабораторными штаммами и условно-патогенными изолятами с соблюдением требований биобезопасности; культивирование мицелиальных культур Streptomyces coelicolor, получение и титрование спор, межродовая конъюгация E. coli — Streptomyces и селекция эксконъюгантов.

Масс-спектрометрия:
Bruker rapifleX MALDI-TOF: самостоятельная подготовка образцов, триптический гидролиз, калибровка прибора, запуск, обработка спектров и интерпретация. Идентификация белков методом peptide mass fingerprinting (Mascot), подтверждение состава очищенных комплексов, качественное определение низкомолекулярных компонентов (ATP/ADP) в белковых препаратах. Матрицы DHB и 9AA; проанализировано десятки образцов.

Биоинформатика и анализ NGS:
Контроль качества и фильтрация Illumina- и Nanopore-ридов (FastQC, MultiQC, fastp, Trimmomatic); de novo и гибридная сборка бактериальных и фаговых геномов (SPAdes, Unicycler), полировка (Racon) и оценка качества (QUAST); аннотация геномов (PROKKA, MultiPhATE); картирование (BWA, Bowtie2, minimap2), variant calling и анализ escape-мутантов (snippy, samtools, VarScan); RNA-seq и дифференциальная экспрессия (nf-core/rnaseq, DESeq2); определение метилирования и поиск мотивов по данным Nanopore (MicrobeMod), анализ фосфотиолирования ДНК; анализ белковых доменов и гомологов (BLAST, HMMER, HHpred, AlphaFold/ColabFold), выравнивания и филогения (MAFFT, Clustal Omega, IQ-TREE, MEGA); визуализация геномного контекста (pyGenomeViz, clinker, ggplot2). Работа на удалённых Linux-серверах, Conda, Git, опыт с Nextflow, Docker и Singularity.

Программирование:
Python (pandas, matplotlib, seaborn) — средний уровень; Bash, AWK и R — базовый уровень, уверенная работа в командной строке и адаптация готовых воспроизводимых workflow.

Организация исследований и документация:
Планирование экспериментов и научных проектов, оценка сроков, ресурсов и рисков; применение принципов GLP при планировании, ведении электронного лабораторного журнала и обеспечении воспроизводимости; разработка, оптимизация и перенос экспериментальных протоколов между исполнителями и лабораториями; подготовка научных, грантовых и отчётных документов, включая отчёты по контрольным точкам; планирование и организация закупок реагентов, расходных материалов и оборудования; проведение проектных совещаний; подготовка публикаций, рисунков и презентаций. Инструменты: Excel, Notion, Asana, Inkscape.

Языки: Русский — родной. Английский — свободное чтение и написание научных текстов, свободнаяпрофессиональная коммуникация; магистратура и аспирантура пройдены на английском языке.

ИЗБРАННЫЕ ПУБЛИКАЦИИ
Всего 9 рецензируемых статей и 1 препринт; полный список — Google Scholar и ORCID 0009-0002-1351-3238. 2 работы вошли в список топ 50 лучших работ российских ученых в 2024 и в 2025 годах по версии colab.ws

–​ Burman N., Belukhina S., Depardieu F., Wilkinson R. A., Skutel M. et al. A virally encoded tRNA neutralizes the PARIS antiviral defence system. Nature. 2024;634(8033):424–431. doi:10.1038/s41586-024-07874-3
–​ Drobiazko A., Adams M. C., Skutel M. et al. Molecular basis of foreign DNA recognition by BREX anti-phage immunity system. Nature Communications. 2025;16:1825. doi:10.1038/s41467-025-57006-2
–​ Skutel M., Yanovskaya D., Demkina A. et al. RecA-dependent or independent recombination of plasmid DNA generates a conflict with the host EcoKI immunity by launching restriction alleviation. Nucleic Acids Research. 2024;52(9):5195–5208. doi:10.1093/nar/gkae243 (первый автор)
–​ Skutel M., Andriianov A., Zavialova M. et al. T5-like phage BF23 evades host-mediated DNA restriction and methylation. microLife. 2023;4:uqad044. doi:10.1093/femsml/uqad044 (первый автор)
–​ Iarema P., Kotovskaya O., Skutel M. et al. Sxt1, isolated from a therapeutic phage cocktail, is a broader host range relative of the phage T3. Viruses. 2024;16(12):1905. doi:10.3390/v16121905

КОНФЕРЕНЦИИ И НАУЧНОЕ РУКОВОДСТВО
–​ Доклады на 8 международных и российских конференциях, включая EMBO Workshop on the Immune System of Bacteria (Реховот 2023, Париж 2025) и Viruses of Microbes (Португалия, 2022).
–​ Организатор международной конференции GMMMC (2024, 2025); приглашённый устный доклад на RUDN Science 4 Health (2025).
–​ Научный руководитель 7 учащихся; трое выпускников бакалавриата МГУ защитили дипломные работы в2025–2026 годах, проекты отмечены наградами всероссийских конференций.
–​ Награда «Best Research Thesis», Сколтех, 2022.